Abrimos el programa y nos encontramos con dos ventanas (si tenemos las preferencias por default) una hoja en blanco (listo para diseñar) y otra que se denomina Site, es decir nos muestra todo lo que tenemos en nuestra raíz.

Una cosa importante: este es el paso mas importante, setear, dejar bien configurado en qué carpeta vamos a colocar TODO lo que vamos a diseñar, y dejar así armado el sitio TAL CUAL lo vamos a tener en el FTP, es decir, en el dominio que tengamos ya contratado para tener nuestra página online. En resumen, les quiero decir que si tenemos todo disperso por cualquier parte de nuestro rígido, el mismo programa ya nos va a pedir que coloquemos todo en un mismo lado.

Nuestro primer paso es cerrar esa ventana en blanco que tenemos (todavía no la vamos a usar) y nos vamos a quedar con la ventana SITE. (F8)

Nos dirigiremos a la fila con herramientas y haremos click en site > New site y ahi nos vamos a encontrar con la siguiente ventana:

Donde dice Site Name colocaremos, como dice el gráfico, el nombre con el cual luego nosotros identificaremos al site, de varios que podemos tener a la vez para diseñar.
En Local Root Folder buscaremos, haciendo click en la carpetita amarilla que tenemos al lado de la ventana editable, la ruta correcta donde vamos a guardar todo que vamos a diseñar, es decir en una carpeta que vamos a destinar. Daremos por tildado las dos casillas que nos da por opción y le damos OK.
El tilde del cache sirve para que mantenga todo en forma automática actualizado con respecto a links y a otras cosas que podemos ir cambiando sobre la marcha.